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次世代粒線體基因定序

敬愛的夥伴,次世代粒線體基因定序日前已上線。用NGS分析整個mitochondrial DNA的序列有兩個好處,第一是對heteroplasmy的判讀敏感度高且定量精確,第二是可以同時看mitochondrial DNA缺損,價格也合理,希望大家多多利用。

檢測項目: 次世代定序粒線體DNA基因變異檢測 (Next Generation Sequencing for Mitochondrial DNA Variation Test)
檢測基因: 針對全粒線體DNA進行定序,包含37個基因還有tRNA (RRNS, RRNL, ND1, ND2, ND3, ND4, ND4L, ND5, ND6, COX1, COX2, COX3, ATP6, ATP8, CYTB, TRNF, TRNV, TRNL1, TRNI, TRNQ, TRNM, TRNW, TRNA, TRNN, TRNC, TRNY, TRNS1, TRND, TRNK, TRNG, TRNR, TRNH, TRNS2, TRNL2, TRNE, TRNT, TRNP)
檢驗方法: 收到患者之檢體之後,將萃取檢體之全細胞去氧核醣核酸(Whole cell DNA),以粒線體基因(mitochondrial DNA, mtDNA)專一性的核酸引子進行長區域聚合酶連鎖反應擴增(long range PCR amplification),樣本製備後以次世代定序(next-generation sequencing, NGS; Illumina MiSeq system)技術進行基因定序,分析粒線體DNA基因上是否發生變異或缺失。檢測出的變異位點如果需要,將輔以傳統定序方法(Sanger Sequencing)確認,本檢驗粒線體基因參考序列為NC_012920,經由生物資訊分析後判讀所發現之粒線體基因變異點是否具致病性。
檢體需求: 紫頭管3 毫升兩管或10毫升一管
報告時程: 10週
聯絡人:  台大醫院基因醫學部:吳兆斯 先生  (02-23123456-71939),李妮鍾 醫師
收費方式:定價25000元,可申請罕見疾病基金會補助5000元,這樣就只要20000元。
匯票: 合作金庫臺大分行。帳號: 1346-713-100100。戶名: 臺大醫院作業基金401專戶。
ATM轉帳: 合作金庫(006)- 1346-713-100100
檢體寄送時請附下列資料

  1. 生化遺傳研究室檢體送件單
  2. 罕見疾病基金會-國內罕見疾病遺傳檢驗補助單
  3. 匯票或ATM轉帳單20000元

檢驗侷限性  
1. 定序分析之後,如果沒找到變異點,可能是因其他基因、或是非遺傳因素所造成的疾病。此外,粒線體基因變異有組織的特異性,粒線體基因變異的異質性(heteroplasmy)在不同組織間會有差異。
2. 本實驗方法以次世代方法定序依據文獻(參考文獻1)其粒線體基因變異偵測極限為1.5%異質性(heteroplasmy)。若粒線體基因變異為大片段插入(insertion)、複雜性缺失(multiple deletion)、翻轉(inversion)或複雜重組(rearrangement),有可能無法由本方法檢驗出來。
3. 對於所有粒線體基因變異所造成的臨床症狀表現的差異,可能取決於下列三項因素: (1)異質性,即致病變異及正常粒線體DNA存在量的比例(2)變異的粒線體DNA於組織的分布情形(3)限界效應(Threshold effect)即每種組織對於氧化壓力代謝影響的易受性。由於患者情況各異,此檢驗結果須由臨床醫師判讀來分析粒線體DNA檢驗結果與受檢者臨床症狀的相關性。關於粒線體疾病診斷標準,建議根據Modified Walker Criteria (參考文獻2)。
4. 依衛生署規定,目前所有分子遺傳診斷皆屬研究性質,本檢驗結果僅供醫療專業人員作為臨床參考之用,並需配合其他相關臨床資料進行最佳綜合判斷。

參考文獻
1. Zhang W, Cui H, Wong LJ. Comprehensive one-step molecular analyses of mitochondrial genome by massively parallel sequencing. Clin Chem. 2012,58:1322-31.
2. Bernier FP, Boneh A, Dennett X, Chow CW, Cleary MA, Thorburn DA. Diagnostic criteria for respiratory chain disorders in adults and children. Neurology 2002; 59: 1406–11.

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